En su segunda fase (MYXOTROPIC-II), durante los años 2006-2008, el objetivo del proyecto fue el estudio de los desiertos de Monte (Argentina) y de Atacama (Chile), situados a la misma latitud que los investigados en México pero en el hemisferio sur. En esta fase se elaboró el primer catalogo de Myxomycetes del desierto de Monte, se completó el catalogo de estos microorganismos en el desierto de Atacama, posiblemente la zona más árida del planeta, se descubrieron varias nuevas especies, y se publicó una revisión y actualización del catálogo de Myxomycetes de la región Neotropical. También se creó una página web (www.eumycetozoa.com) con la nomenclatura de todo el grupo Eumycetozoa (Myxomycetes, Protosteliomycetes y Dictyosteliomycetes), y se realizaron dos tesis doctorales, con estudios complementarios sobre Dictiostélidos y Protostélidos (ver publicaciones).

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