La fase tercera (MYXOTROPIC-III) se desarrolló en el periodo 2009-2011. Centró sus estudios en el dominio Andino-Patagónico de Argentina. Se realizó un intenso muestreo y catalogación tanto de la estepa patagónica como de la zona de transición hacia los bosques subantárcticos de la cordillera andina. La Patagonia, considerada como una zona árida fría, tienen algunas plantas comunes con las cálidas previamente estudiadas, por lo que comparar su myxobiota se estableció como objetivo en esta fase. También se estudiaron las especies nivales de Myxomycetes, que desarrollan su ciclo de vida en las zonas montañosas, coincidiendo con el límite de fusión de la nieve. En todos estos ambientes fríos y áridos se recolectaron mas de 1100 muestras de mas de 130 especies diferentes y se describieron varias nuevas especies de Myxomycetes (ver publicaciones), lo que demuestra que estos microorganismos son un componente habitual de la biota patagónica.

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